1219 йил кузида Чингизхон 200 мингдан ортиқ аскари билан Ўрта Осиёга юриш бошлади. Хоразмшоҳ Аълоиддин Муҳаммад мўғулларга қарши урушда асосий кучларни жамлаб йирик жанг олиб боришдан қочди. У ўзига тобе барча шаҳар ва қалъаларга ўзларини ҳимоя қилиш ҳақида буйруқ берди. Чингизхон бундан аллақачон хабардор бўлганди, Ўтрорга етганда хоразмшоҳлар мулкини тезда босиб олиш учун қўшинини 4 қисмга ажратди. Биринчи қўшинга ўғиллари Чиғатой ва Ўқтойни бошлиқ этиб тайинлади, уларга Ўтрор шаҳрини йўқ қилиш топширилди. Иккинчи қўшинга бошқа ўғли Жўжини бошлиқ этиб тайинлади, унга Сирдарё бўйидаги Сиғноқ, Ўзган, Барчинлиғкент, Жанд, Янгикент ва бошқа шаҳарларни истило қилишни топширди. Учинчи қўшинга Олоқ нўён ва Сукету чербиларни бошлиқ бўлиб, уларга Хўжанд ва Бинокат шаҳарларини бўйсундириш буюрилди. Тўртинчи қисм эса Чингизхоннинг ўзи бошчилигида саҳродан Бухоро томон йўлга тушди.

Чиғатой ва Ўқтой бошлиқ биринчи қушин 1219 йил сентябрь – 1220 йил март оралиғида Ўтрор шаҳрини қамал қилди. Мўғуллар шаҳарни вайрон қилиб, ҳоким Қоирни асирга туширишди. У 1218 йилдаги муғул савдогарларини ўлдиришда айблангани учун, Самарқандга - Чингизхон ҳузурига юборилди. Чимгизхоннинг буйруги билан қийнаб ўлдирилди.

1220 йил февралда Чингизхон Бухорога етиб келди ва шаҳар қамалини бошлади. Шақар 7 – 10 февраль кунлари қамал қилинди.

16 февраль куни ҳимоясиз қолган Бухоро аҳли мўғулларга таслим бўлди. Лекин Гўрхон бошлиқ ҳимоячилар Бухоро аркини яна 12 кун мудофаа қилиб турдилар. Мўғуллар Бухорога ўт қўйиб кулини кўкка совуришди, мингларча тинч аҳолини қирғин қилишди ва кўплаб кишиларни қулга айлантиришди.

Чингизхон Бухородаги хунрезлиги билан ном чиқаргач 1220 йил мартда Самарқандни талаш учун юриш бошлади. Бир неча кунлик жанглардан сўнг шаҳар мўғулларга таслим бўлди. Тоғайхон бошлиқ 30 минг кишилик қўшин Чингизхон хизматига ўтишга розилик билдирди, лекин тунда Тоғайхон, унинг 20 нафар саркардаси ва 30 минг кишилик қўшини аёвсиз қириб ташланди. Бухоро каби Самарқанд шаҳри ҳам ўт ичида қолди, минглаб кишилар ваҳший мўғуллар томонидан қириб ташланди, ўн минглаб кишилар эса қул қилиб ҳайдаб кетилди.

Мўғулларнинг иккинчи қўшини Сиғноқни етти кун қамал қилиб қўлга киритди, бошқа ерларда бўлгани каби, Сиғноқ аҳолиси ҳам қатли ом этилди. Самарқанд таланганидан бир ой ўтгач, 1220 йил апрелда, мўғуллар Жанд шаҳрига юриш бошлади. Жўжи бошлиқ қушин Жандни эгаллаб, у ерда ҳам катта қирғин уюштирди.

1220 йил мартда мўғулларнинг учинчи қўшини Бинкатга ҳужум қилди, шаҳар 4 кунлик қамалдан сўнг таслим бўлди, мўғуллар одатлари бўйича бу ердаги аҳолини ҳам қириб ташлашди. Апрелда Хўжандни истило қилишга киришишди. Уч ойлик қамалдан сўнг Темурмалик бошлиқ қўшин Хўжандни ташлаб Сирдарё ўртасидаги оролга бориб жойлашди. Мўғуллар Хўжандни босиб олишган бўлсада, оролчадаги аскарлар яна тўрт ой мобайнида уларга қаттиқ қаршилик кўрсатди. Мўғуллар бу аҳволда уларни енгиш имконсизлигини англаб, дарёга тўғон қуриб оролни сув билан бостиришга ҳаракат қилишди. Тўғон мулжалланган жойга етгач, Темурмалиқ аскарларини олиб оралчани тарк этишга мажбур бўлди. Муғуллар Темурмаликни тирик тутиш мақсадида Сирдарёнинг Бинкат шаҳри рўпарасидаги жойига дарё эни бўйлаб занжир тортиб чиқишганди. Тунда йўлга чиққан Темурмаликнинг оз сонли қўшини занжир тортиб қўйилган ерга келганда занжирни узиб йўлида давом этди. Муғулларнинг бир неча ой мобайнида қилган иши чиппакка чиқди. Темурмалик Жанд шаҳрига етганда қуруқликка чиқишга мажбур бўлди. Бу ерда уни кутиб турган Муғуллар билан ҳал қилувчи жангга киришди. Мазкур жангда Темурмалик барча сафдошларидан айрилди, фақат бир неча киши билан ҳали мўғуллар қадами тегмаган Урганчга етиб одди.

Чингизхон аскарларига бир муддат дам бергач Нахшабга юриш бошлади. Шаҳар жангсиз таслим бўлди. Ёзни Нахшабда ўтказишиб, у ерда талончилик, ароқхўрлик, гиёҳвандлик ва бошқа фисқу фужур ишлар билан шугулланишди. Кузда эса Термизга юриш бошлашди. Термиз 11 кун қаршилик кўрсатгач мўғуллар томонидан босиб олинди. Мўғуллар 1220 йили Мовароуннаҳрни тўла истило қилишди, энди Хоразмшоҳлар давлати пойтахти Урганчни вайрон қилишни кўзлашарди.

Чингизхон ўгиллари Чиғатой, Ўқтой ва Жўжи бошлиқ барча кучни бирлаштириб Хоразмни босиб олиш учун ҳаракат бошлади. 1220 йил декабрда Урганчдан қочиб кетган хоразмшоҳ Аълоиддин Муҳаммад Каспий денгизидаги Ашур оролида хор-зор бўлиб ўлиб кетди. Унинг ўрнига катта ўғли Жалолиддин тахтга чиқарилганди, бошқа ўғиллари эса хазинани талон-торож қилиб гадо топмас ерларга қочиб қолишди. 1220 йил охирларида мўғуллар Урганч қамалини бошлади.

5 ой давом этган қамал ва тинимсиз жанглардан сўнг шаҳар истило қилинди. Мўгулларга қарши жангларнинг бирида 72 ёшли Шайх Нажмиддин Кубро шаҳид бўлди. Мўғуллар қонхўрликларини бу ерда ҳам исботлашди. Аҳолининг бир қисми қулга айлантирилди, Урганч эса сувга бостирилди.

Мўғуллар 1221 йил 5 февралда Марвни олишгач Ҳирот, Балх ва Ғазнага юришни режалаштирдилар. Бироқ 1221 йил ёзида Жалолиддин Мангуберди Парвона жангида Шики Кутуҳу бошлиқ 45 минг кишилик мўғул қўшинини тор-мор келтирди, бу мўғулларнинг шу пайтгача учраган энг катта мағлубияти эди. 1221 йил кузда Чингизхоннинг ўзи Жалолиддин ўрнашган Ғазнага юриш бошлади. 1221 йил ноябрда Ҳинд дарёси бўйида юз берган жангда сон жиҳатдан анча устун бўлган мўғуллар ғалаба қозонди. Барибир Жалолиддинни асирга туширолмадилар, у 4 минг аскари билан Ҳинд дарёсининг нариги томонига ўтиб олишга эришди. Жалолиддин умрининг охиригача (1231) мўғулларга қарши курашди.