XV аср ўрталарига келиб темурийлар давлатининг тарқоқлиги кучайди. Бу даврда Моварауннахрнинг шимолида - Дашти Қипчоқда кўчманчи ўзбеклар давлати ташкил топди.

XV аср мобайнида Дашти қипчок ўзбеклари билан Темурийлар ўртасида тўхтовсиз кураш кетди, оқибатда XVI аср бошида бу кураш Темурийлар давлатининг енгилиши билан тугади. Дашти Қипчоқдаги кўчманчилар давлатининг асосчиси Абулхайрхон 1428 йилдан 1468 йилгача ҳукумронлик қилди, сўнг бу давлат сиёсий инкирозга учраб (парчаланиб) тарқалиб кетди.

XV асрнинг охирида Абулхайрнинг невараси Муҳаммад Шайбоний бобосининг давлатини тиклаб, тез орада Утрор, Сайрам, Ясса (Туркистон), Сиғноқ шаҳарларини босиб олди ва 1499 йилда Мавароуннахрга жиллий ҳарбий ҳаракатлар бошлади.

Муҳаммад Шайбонийхон 1500 й. Самарқанд шаҳрини жангсиз эгаллади.

Ёш Темурий шаҳзода Захириддин Муҳаммад Бобур Шайбонияхоннинг асосий рақиби бўлди. Бобур шаҳар ахолисининг қарши қўзғолонидан фойданиб 1500 йилнинг охирида Самарқанд тахтини эгалланган эди. 1501 йилнинг баҳорида бўлиб ўтган жангда Бобур енгилади ва Самарқанд иккинчи маротаба Шайбоний қўлига ўтади.

Шайбонийхон 1505 й. Урганчни. 1507 й. май ойида Хиротни эгаллади ва қисқа вақт ичида Сирдарёдан то Марказий Афгонистонгача бўлган катта худуд Шайбонийхон қулига ўтди.

Шайбонийхоннинг жануб томон юришлари Эрон шохи Исмоил 1 томонидан тўхтатилди. 1510 йил Марвдан 24 км жойда Исмоил 1 нинг 1700 минг кишилик қўшинлари кўчманчи ўзбеклар қўшинини тор-мор келтирди. Шайбонийхон халок бўлди. Натижада Хуросон ва Хоразм Исмоил хукмронлигига ўтди. Исмоил ёрдами билан Бобур яна Самарқандни эгаллади лекин Гиждивон яқинида бўлган жангда Бобур қўшинлари мағлубиятга учради ва ниҳоят Мавароуннахрга бўлган даъваларидан воз кечиб, кичик бир отряди билан Ҳиндистонга йўл олади ва 1525 йил Ҳиндистоннинг Лаҳор шаҳрини, 1526 йил Деҳли Агра шаҳарларини эгаллади ва ҳозирги Бангладеш, Покистон, Ҳиндистоннинг шимоли ва Афганистон худудида Буюк Бобурийлар салтанатига асос солди, бу давлат ХIХ асргача (300 йил) яшади.

Муҳаммад Шайбонийхон вафотидан кейин Маварауннахрда марказий ҳукумат анча заифлашди. 1512 йилдан Бухоро ҳукмдори Убайдулла Султон бўлди, 1534 йилда у бутун марказлашган ўзбек давлатининг Олий ҳукмдори этиб сайланди.

XVI асрнинг иккинчи ярмида Шейбоний авлодларидан бўлган Абдуллахон II нинг мавқъеи анча мустахкамланди. У ўзбек қабилалари бекларининг ва мусулмон рухонийларининг ёрдамида 1557 йилда Бухоро тахтини қўлга киритди. У кучли Шайбонийлар давлатини қайта тиклашни ўз олдига мақсад қилиб қўйган эди.

1583 й. Абдуллахон ўзини барча ўзбекларнинг хони деб эълон қилди. Бу пайтга келиб Абдуллахон деярли бутун Марказий Осиё ерларини ўз қўл остига бирлаштиришга муваффақ бўлган эди.

1595 й. Хоразм ҳам Абдуллахон II мулкларига қўшиб олинди.

1598 йилда Абдуллахон II вафот этгач унинг ўғли Абдулмумин узоқ вақт ҳокимиятни сақлаб қалолмади ва 1599 йилда ҳокимият бошқа сулола вакиллари қўлига ўтди.

Абдуллахон II даврида Шайбонийхон давлатининг пойтахти сифатида Бухоро мустаҳкамланди ва сиёсий, маъмурий, иқтисодий марказга айланди. Шу даврдан бошлаб мамлакат Бухоро хонлиги деб атала бошланди.

Шайбонийлар даврида ҳокимият тепасида хон турарди. Давлат бир неча вилоятларга бўлинган бўлиб, уларга султонлар бошчилик қилар эди. Пойтахт Самарқанд шаҳри эди ва Абдуллахон (1533-1539) даврида Бухорога кўчирилди.

Шайбонийлар давлати, айниқса, Абдуллахон II даврида чет давлатлар билан сиёсий алоқаларини кенгайтиради.

Шайбонийлар давлатида хўжаликнинг асоси деҳқончилик бўлиб, деҳқонлар асосий ишлаб чиқарувчи куч эди.

Ер эгалиги муносабатлари эскича қолиб, ерларнинг асосий қисми давлат ерлари бўлиб, унинг эгаси давлат бошлиғи-хондир.

Зодагонлар эгаллаган давлат ерларининг шакллари ҳар хил, суюргол, иқта, танҳо ва бошқалар эди. Суюргол хукмрон сулола аъзолари, йирик давлат арбоблари ва ҳарбий қўмондонларга берилиб улар ерни тўлиғи билан ўзлари бошқарарди ва солиқлар йиғиб олади ва бир қисмини давлат хазинасига топширади. Иқта ерлари хукмрон хон авлодларига, йирик давлат ва ҳарбий арбобларга берилган.

XVI асрдан бошлаб Марказий Осиёда янги феодал ер эгалиги танҳо, кичик хизматкорларда бериладиган ерлар пайдо бўлди.

Феодал ер эгалигининг алоҳида кўринишини вақф ерлар ташкил қилган.

Шайбонийлар давридаги аҳолининг асосий қисмини деҳқонлар, ярим кўчманчилар ва қисман кўчманчи чорвадорлар ташкил этарди.

Шайбонийлар давлатида деҳқончиликдан ташқари шаҳар хўжалиги ҳам алоҳида ўрин тутади. Самарқанд Бухоро, Тошкент Марказий Осиёнинг сиёсий, иқтисодий, маданий маркази бўлиб қолаверди.

Бу даврга келиб иқтисодий ва маданий юксалиш натижасида Тошкентнинг мавқеи ошди. Баракхон мадрасаси (Ҳозирги мавароуннахр мусулмонлари маркази ёки Хастимом), Кўколдош мадрасаси қурилди.

XVI аср шаҳарларида хунармандчилик ривожланиб, унинг махсулоти кенг омманинг талабларини қондиришга қаратилди. Шайбонийлар давлатида кучли ривожланган хўжалик соҳаси тўқимачилик бўлди.

Самарқандда қоғоз ишлаб чиқарила бошланди. Қоғоз сифати шунчалар юқори эдики бу ҳақда Бобур Жахонда энг яхши қоғоз Самарқандда тайёрланган, деб этади.

Шайбонийлар даврида деҳқончилик, хунармандчиликнинг умуман, шаҳарлар ҳаётининг ривожланишига Марказий Осиё хонликларининг ташқи ва ички савдо ҳалқаро алоқаларининг кенгайиши муҳим аҳамиятга эга бўлди. Марказий Осиё хонликларининг Ҳиндистон давлати, Туркия ва Россия билан иқтисодий ҳамда дипломатик алоқалари ривожланди.

Бухоро, Самарқанд, Тошкент ва бошқа шаҳарларда XVI асрда ҳаёт юксак даражада бўлиб, улар сиёсий, иқтисодий марказ бўлибгина қолмай, балки маданий турмуш ўчоғи ҳам эди.

Шайбонийлар кўплаб янги бинолар қуриб, уларни мадраса ва мачитлар ихтиёрига топширдилар. Фақат Абдуллахон II даврида 500 дан ортиқ ҳар хил бинолар қурилган.

Марказий Осиёнинг ижтимоий-сиёсий ҳаётида бу даврда ҳар хил дарвишлар уюшмаларини бирлаштирган суфийлик муҳим ўрин эгаллади. Булар орасида ғоят катта таъсирга эга бўлгани Муҳаммад Бахуаддин Нақшбандий инсонни меҳнатга ва ҳалолликка чақирди. У: Дил ва еру, даст ба кор, яъни: Имонингни дилга ер тутуб, кўнгилни ишдан айирма,-дейди.

Бу даврда ҳиротлик Биноий форс тилида, Муҳаммад Солиҳ турк тилида Шайбонийхон тўғрисида тарихий бадиий асарлар яратди.

Ўша даврдаги тарихчилардан Ҳофиз Таниш Бухорий форс- тожик тилида Абдуллнома асарини яратди. XVI аср бошларида Бобур томонидан яратилган Бобурнома (1526-1530 й) асари жаҳоншумул тарихий аҳамиятга эгадир.

XVI аср бошларида Дашти-Қипчоқ ўбекларининг Моварауннаҳрга кириб келиши билан ўзбек халқи аждодларига яна бир қанча қабилалар келиб қўшилди ва Ўзбек деган номга эга бўлди.

XVI асрнинг охирларидан, аниқроғи 1599 йилдан бошлаб Марказий Осиёда янги сулола Астрохонийлар сулоласи ҳукмронлиги бошланди. Бу сулоланинг асосчиси Чингизийлар авлодидан бўлган Жонибек Султон эди. Унинг аждодлари Олтин Ўрда инқирозидан кейин Астрахонга ҳукмронлик қилиншган.

1599-1605-йилларда Бухоро тахтига Жонибек Султоннинг ўртанча ўгли Боқимуҳаммад ўтирди. 1605-йилда Боқимуҳаммад вафотидан сўнг тахтга унинг укаси Вали Муҳаммад ўтирди. Унинг даврида бекларнинг ўзаро урушлари кўпайиб кетди. 1611 йилда Вали Муҳаммаднинг жияни Имомқулихон (Боқи Муҳаммаднинг ўғли) амакисини тахтдан ағдариб ўзи ўтирди (1611-1642). Имомқулихон давлатини бирмунча кенгайтиришга муваффақ бўлди.

Имомқулихон кўчманчиларга қарши муваффақиятли курашлар олиб борди. Унинг ҳукмронлик даври Бухорода хон ҳокимиятининг нисбатан кучайиш даври бўлди.

1642-1645 йилларда Имомқулихоннинг укаси Нодир Муҳаммад тахтда ўтирди. Лекин унинг сиёсатидан норози феодал зодагонлар фитна уюштириб уни тахтдан ағдардилар ва ўғли Абдулазизонни хон қилиб кўтардилар. Унинг даврида Хива билан узоқ урушлар олиб борилди, бу урушлар мамлакат ҳаётига қаттиқ таъсир кўрасатди.

1680-йилда тахтга ўтирган Абдулазизхоннинг укаси Субхонқулихон даврида Хиваликларнинг ҳужумларига бирмунча барҳам берилди. Лекин бу даврда ҳам мамлакатда ички тартибсизликлар ҳукм сурарди. 1702-йилда Субхонқулихон вафот этиб ўрнига Убайдуллахон тахтга ўтирди (1702-1711) Убайдуллахон феодалларнинг ўзбошимчилигига чек қўйишга, марказий ҳокимниятни кучайтиришга ҳаракат қилган сўнги Аштархонийлардан эди. Лекин у 1711 йилда уюштирилган фитнада ўлтирилди. Тахтга Убайдуллахоннинг укаси Абулфайзхон ўтиради (1711-1747) Абулфайизхон даврида марказий ҳокимният ўз аҳамиятини яна йўқота берди. Унинг даврида мамлакатни бошқариш манғит уруғлари томонидан қўллаб-қувватланган ва феодаллар орасида обрўйга эга бўлган Муҳаммад Ҳакимбий қўлига ўта бошлади.

1740-йилнинг бошларида мамлакатга Эрон шоҳи Нодиршоҳ ҳужум қилиб хонлик Эронликка катта солиқлар тўлаб турушга мажбур бўлди. Бу даврда Муҳаммад Ҳакимбийнинг мавқейи янада ошди. 1747 – йилда Абулфайз вафот этди. Бундан сўнг Абдулмўминнинг ва Убайдулла III нинг қисқа вақтлик ҳукмронлигидан сўнг Аштрохонийлар сулолоаси ҳукмронлиги тугади.

1753-йилда манғитлардан чиққан Муҳаммад Ҳакимбийнинг ўғли Муҳаммад Раҳим амир унвони билан тахтни эгаллади ва у 1920 йилга қадар ҳукм сурган манғитлар сулолосининг асосчиси бўлди.

Аштрахонийлар ҳукмронлиги даври сиёсий тарақоқликнинг авжига чиққан даври бўлди. Шайбонийлар даврига қараганда аштрохонийлар даврида маҳаллий бекларнинг ўзбошимчаликлари анча кучайди.

Мамлакат вилоят ва туманларга бўлинган бўлиб ҳокимният тепасида хон турарди. давлатдаги энг мартабали лавозим оталиқ эди.

Мамлакатда ўзаро урушлар туфайли ҳунармандчилик, ички ва ташқи савдонинг ривожланиши учун етарли шарт-шароит йўқ эди.

Лекин, шунга қарамасдан, халқ ўз ҳунарини ва имкониятларини сақлаб қолди.

Бу даврда Марказий Осиё Россия, Ҳиндистон, Эрон, Афғонистон, Хитой каби давлатлар билан савдо алоқаларини олиб борди.

XVII-XVIII асрда меъморчилик соҳасида бир мунча силжишлар рўй берди. Самарқандта йирик феодаллардан бири Ялантушбий бўйруғи билан XVIII асрда Шердор ва Тиллакори мадрасалари қурилган.

Бухорода Абдуллазизхон мадрасиси қурилди. Бадиий адабиёт ва тарих илми соҳасида бир мунча муваффақиятлар кўзга ташланади. XVII асрнинг бошида ижод қилган Сайидо Насафий бу даврнинг йирик шоирларидан эди.

Тарихчилардан Маҳмуд ибн Вали ахборотлар асосида Сирлар денгизи асарини, Муҳаммад ибн Буҳорий Убайдуллонома асарини ёзди.

Аштархонийлар даврида феодаллар ўртасидаги ўзаро урушлар ҳаддан зиёд кескинлашиб кетди. XVIII асрнинг бошларида (биринчи чорагида) юқоридаги сисёсий воқеалар, хонавайронлик, ўзаро урушлар Марказий Осиё ҳудудида учта мустақил хонликнинг пайдо бўлиши билан якунланади.

Муҳаммад Раҳимбой ҳукмронлиги давридан бошлаб Бухоро хонлиги амирлик деб атала бошланди. Муҳаммад Раҳимбой савдо ва ер эгалиги билан алоқалар бўлган феодаллар манфаатига мос равишда марказлаштириш сиёсатини амалга оширди.

1758 йилда 24 мартда Раҳимбой вафотидан сўнг Бухоро тахтига ўтирган Дониёрбий даврида йирик ер эгаларининг марказий ҳокимниятга қарши кураши яна авж олиб кетди.

1784-йилда Бухорода қўзголон кўтарилиб, қўзғолон жараёнида мингга яқин киши ҳалок бўлди, натижада Донилбий ҳокимниятни шаҳар аҳолиси орасида обрўлироқ бўлган ўз ўғли Шоҳмуродга топширишга мажбур бўлди.

1785-1800-йилларда ҳукмдорлик қилган Шоҳмурод даврида тўртта ислоҳот: молия, суд, маъмурий ва ҳарбий ислоҳатлар ўтказилди.

Донийлбой ва унинг ўғли Шоҳмурод ҳукмдорлик қилган даврда Бухоро амирлиги нисбатан мустаҳкамланди. Шоҳмуроднинг вориси Амир Ҳайдар (1800-1826) даврида ички низолар ва қўшни мамлакатлар билан зиддиятлар янада кучайди.

Амир Ҳайдар вафотидан кейин 1826-йилда Бухоро тахтига унинг учинчи ўғли Насрулло чиқди. У 1860 йилгача ҳукмдорлик қилди. Насрулло ниҳоятда бешафқат бўлганлиги учун ҳам халқ орасида Қассоб амир деб аталди.

Амир Насрулло ўз ҳукмронлигини Бухоро амирлигидаги феодал тарқоқликни тўхтатиш учун курашдан бошлади.

Шу билан бирга амир Насрулло қўшни Қўқон ва Хива хонликларига қарши ҳам узлуксиз урушлар олиб борди.

ХIХ асрнинг бошларида Зарафшон ва Қашқадарё воҳоларидан ташқари Сурхондарё вилояти, ҳозирги Тожикистон ҳудудидаги Ҳисор, Хўжанд, Панжикент ва Зарафшон дарёсининг юқори оқими, жанубий Туркистоннинг мурғобогача бўлган барча ерлари ҳам Бухоро амирлигига кирар эди.

Бухоро амирлиги аҳолисининг сони ХIХ аср бошларида салкам икки миллион кишига, Бухоро шаҳрида эса 60 минг кишига етиб борди.

Самарқандда 50 минг аҳоли яшар эди.

Қишлоқ хўжалигининг бош тармоғи суғорма деҳқончилик бўлиб, асосан бошоқли экинлар экиларди. Амирликда аҳолидон ҳирож, закот каби асосий солиқлар олинарди.

XVII аср Бухоро хонлигида иқтисодий ва сиёсий тушкунлик кучайган даврда Фарғона воҳаси хонликдан алоҳида ўлка сифатида ажралиб чиқди. XVIII асрнинг бошларида,1771 йилда ўзбекларнинг минг уруғидан чиққан Шоҳруҳбий Қўқон хонлигига асос солди. ХIХ асрнинг биринчи ярмига келиб Қўқон хонлигига Тошкент, Туркистон, Ўртатепа, Хўжанд кўшиб олинди.

Қўқон ХIХ асрнинг бирнчи ярмида шимолда Россия билан: ғарбда Хива ва Бухоро билан: жанубда Қоратепа, Дарбоз ва Кўлоб билан шарқда Шарқий Туркистон билан чегародош эди.

Қўқон хонлиги аҳолисининг сони ХIХ аср ўрталарида 3 миллион га яқин эди.

ХIХ аср ўрталарида Қўқон хонлигида кўпгина шаҳарлар бўлиб, улар орасида Қўқон, Тошкент, Андижон, Марғилон, Хўжанд, Ўш, Чимкент, Туркистон йирик сиёсий иқтисодий, маданий ва ҳарбий марказлар ҳисобланарди. Хонликнинг пойтахти Қўқонда 80 мингга яқин аҳоли яшарди. 60 мингга яқин аҳоли яшайдиган Тошкент ўз аҳамияти жиҳатидан хонлик пойтахтидан кейин иккинчи ўринда турарди.

Амударёнинг қуйи оқимида жойлашган Хоразм қадимий деҳқончилик марказаларидан бири ҳисобланади.

XVI аср бошида Хоразм Муҳаммад Шайбонийхон давлати таркибига киритилди.

1510 йилда Шайбонийхон вафотидан кейин Хоразм Эрон шоҳи Исмоил Сафовий ҳукмронлиги остига тушиб қолди. 1512 йилда бу ерда яна Дашти қипчоқ вакилларидан бўлган Элбарисхон Хоразм тахтни эгаллади ва Хоразм хонлиги пайдо бўлди.

XVII асрнинг биринчи ярмида Араб Муҳаммад ҳукмдорлиги даврида хонликнинг пойтахти Урганч шахридан Хива шаҳрига кўчирилди.

XVIII асрнинг бошида Россия давлати Хива хонлигини ўз таъсирига бўйсундиришга уриниб кўрди. Шу мақсадда Россия подшоси Пётр I 1714-1717 йилларда А.Бекович-Черкасский бошчилигида экспедиция уюштирди, лекин у муваффақияциз тугади.

XVIII аср ўрталарида Хива хонлигида сиёсий парокандалик авжига чиқди ва XVIII асрнинг 60 йилларида Хива хонлигида ҳокимниятни ўзбек қўнғиротлари аста секин ўз қўлларига ола бошладилар.

1806-1825-йилларда ҳукмронлик қилган Муҳаммад Раҳим II Хива хонлигини бирлаштиришни ниҳоясига еткизади.